(Alloy-Theoretic Automated Toolkit:ATAT)的安装

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(Alloy-Theoretic Automated Toolkit:ATAT)的安装

三米哥2022-12-03软件环境378703
键入g++-version来验证这一点。在某些系统上,这个命令可能被称为gmake或gnumake。输入gnuplot并检查程序已启动。然后再输入makeinstallrehash二、用一个简单

安装要求

你需要安装以下工具:


g++版本2.7.2或更高版本。键入g++ -version来验证这一点。该软件包可以从http://www.gnu.org/下载。如果已经安装好的,可以用g++ -v 查看安装的版本


GNU make(任何版本)。键入make -version来验证这一点。在某些系统上,这个命令可能被称为gmake或gnumake。该软件包可以从http://www.gnu.org/下载。


一种第一性原理电子结构计算代码,如vasp


您可能需要使用gnuplot来绘制代码的输出。输入gnuplot并检查程序已启动(输入q以退出)。如果没有,可以从http://www.gnuplot.info/下载。


如果您有多台机器,并且它们通过不安全的网络连接(例如internet),您可能需要ssh。该软件包可以从http://www.openssh.com/下载。


一、安装步骤

如果您安装了较早版本的ATAT,请在继续之前删除或重命名以前的ATAT目录,例如


mv atat atatold

然后输入

gunzip atatX_XX.tar.gz

tar -xvf atatX_XX.tar.gz

其中X_XX是当前版本号。这些命令在当前目录中创建一个名为atat的目录。它包含了整个软件包。为了将来的参考,我将把这个目录的整个访问路径称为atat。

输入:

cd atat

然后用文本编辑器打开文件makefile,查找一行binDIR= ( H O M E ) / b i n / 。更改 (HOME)/bin/。更改 (HOME)/bin/。更改(HOME)/bin/以指向您想要放置可执行文件的位置,然后输入:

make

如果没有出现错误信息,请继续下一步,否则请参考官方手册的第8章(http://brown.edu/Departments/Engineering/Labs/avdw//atat/manual/node120.html)。然后再输入

make install

rehash (不需要 bash shell)


二、用一个简单的例子测试

切换到您选择的目录(最好是空目录)并键入


cp atat/examples/cuau.in lat.in

maps -d &:

maps 正在运行,等待信号。输入

touch ready

表示您已经准备好maps生成结构。maps 复制 Finding best structure… 去找到创建的结构,等出现done显示后,输入

ls */wait

要观察目录0已经创建。该目录包含一个str.out文件,该文件描述了需要计算其能量的结构。文件wait只是一个标志,允许您查找新创建的目录。假设我们已经计算出了这个结构的能量。我们得让maps知道这个信号。输入,例如:

echo 1.1 > 0/energy(如果1.1为结构能量。)

rm 0/wait

Maps 响应通过 Finding best cluster expansion…, 然后 done.

你可以重复这个过程(touch ready, etc.)来添加更多的结构。每次有新能量出现时,Maps都会更新当前的原子群体(例如L12 面心立方结构中占面心的群体)。(默认情况下,Maps每10秒检查一次。)查看输出文件的说明,输入:

maps -h | more

有一个很好的实用程序mapsrep允许您使用gnuplot绘制结果。为了干净利落地停止Maps, 输入:

touch stop

建议:为了使程序输出更清晰,建议在一个终端窗口中运行map命令,在另一个终端窗口中输入所有其他命令。


三.安装MAPS和VASP之间的接口

输入

ezvasp

并按照屏幕上发布的说明配置该命令,要测试此接口,请更改为您所选择和类型的目录

maps -d &

(除非maps已经在同一目录中运行)

而map则自动创建描述结构几何形状的文件(称为 n/str.out,其中n是结构名),我们需要提供一个包含第一性原理代码所需的所有其他参数的文件。输入:

cp atat/glue/vasp/vasp.wrap .

将此类文件的示例复制到当前目录中。对于这些参数的说明,输入


ezvasp -h | more

假设在目录0中有一个新结构(通过键入touch ready创建)。类型


cd 0

runstruct_vasp

当命令终止时,目录0将包含一个提供结构能量的文件能量。如果出现错误消息,请参阅第8章。

如果没有出现错误消息,您可以在自动化中进行另一个级别

cd … (返回主目录)

pollmach runstruct_vasp &

该脚本将自动重复调用上述命令。要干净地停止它,输入:

touch stoppoll

(忽略警告信息。)如果您只能访问一台机器,那么这就足够了,如果您有多台机器,请阅读下一节。如果你想使用VASP以外的其他代码,请阅读3.3节。