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Lammps

2018版lammps安装教程

sudo openmpi lammps

三米哥2020-11-24Lammps2514

Ubuntu下安装单机并行lammps2018版网上前辈们写的帖子大多需要修改Makefile.g++文件，修改方式复杂且易出错，最新版的lammps已经不再提供此文件。1安装fftw在/lamm

Ubuntu下安装单机并行lammps 2018版

网上前辈们写的帖子大多需要修改Makefile.g++文件，修改方式复杂且易出错，最新版的lammps已经不再提供此文件。从源头上弄清楚Makefile.ubuntu文件的意义，减少了对fftw和openmpi路径的修改，从而避免的犯错的重灾区。
笔者所用操作系统为Ubuntu16.04，Ubuntu下安装LAMMPS并行版需要安装必要的依赖包，（重复安装无影响）。
1. sudo su （输入密码后继续）
2. apt-get install gcc
3. apt-get install g++
4. apt-get install gfortran
准备安装包

fftw-3.3.7.tar.gz
lammps-stable.tar.gz  (解压后为lammps-16Mar18)
openmpi-3.0.0.tar.gz
选择fftw3和openmpi的原因是最新版lammps解压后/lammps/src/MAKE/MACHINES/Makefile.ubuntu中包含以下注释：
# ubuntu = Ubuntu Linux box, g++, openmpi, FFTW3
准备工作：在 /home 文件夹下建立三个文件夹，分别命名为 fftw，openmpi，lammps（可自定义），将相应安装包分别解压到这三个文件夹中，操作与Windows中无异（如果新装的ububtu中无法直接打开压缩包，可以使用 tar xvzf 命令，这个教程很简单，网上一大堆）。接下来就是安装fftw和openmpi。

1 安装fftw
在/lammps/src/MAKE/OPTIONS路径下有Makefile.fftw文件，通过查看以下内容可知lammps默认fftw调用路径为/usr/local，为了后续编译lammps方便，将fftw安装到此路径下。
FFT_INC = -DFFT_FFTW3 -I/usr/local/include
FFT_PATH =    -L/usr/local/lib
FFT_LIB = -lfftw3
输入指令：
1. cd fftw
2. sudo ./configure --prefix=/usr/local --enable-float
3. sudo make -j4 （-j4 意为调用4核编译，具体核数看电脑情况）
4. sudo make install
5. cd

2 安装openmpi
在\lammps\src\MAKE\OPTIONS路径下有Makefile.g++_openmpi_link文件，通过查看以下内容可知lammps默认openmpi调用路径为/usr/local。
MPI_INC =    -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/usr/local/include
MPI_PATH = -L/usr/local/lib
MPI_LIB = -lmpi -lmpi_cxx
输入指令：
1. cd openmpi
2. sudo ./configure --prefix=/usr/local
3. sudo make -j4 （-j4 意为调用4核编译，具体核数看电脑情况）
4. sudo make install
5. cd

3 安装lammps
/lammps/src/MAKE/MACHINES文件下将Makefile.ubuntu剪切到/lammps/src/MAKE文件夹下，这样该文件夹就包括Makefile.mpi、Makefile.serial、Makefile.ubuntu三个编译文件。打开Makefile.ubuntu文件，将划线部分删除。
LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_JPEG -DLAMMPS_PNG -DLAMMPS_FFMPEG
（由于lammps运行过程中不需要图片支持，因而将关于图片这几行删除）
JPG_INC =
JPG_PATH =
JPG_LIB = -ljpeg -lpng
不需要修改openmpi和fftw的路径文件，因为之前两步的安装已经为这一步打好了基础。修改完成后保存就行。
输入指令：
1. cd
2. cd lammps/src
3. sudo make ubuntu -j4 （-j4 意为调用4核编译，具体核数看电脑情况）
成功的话会生成lmp_ubuntu(会有一个带锁的标志，在/lammps/src目录下)

4 测试一下
到lammps/examples/shear文件夹中，在in.shear文件中寻找下面这一行，并将前面的#删掉：
#dump    1 all atom 100 dump.shear
输入指令：
1. cd lammps/examples/shear
2. /usr/local/bin/mpirun -np 3 /home/yi/lammps/src/lmp_ubuntu < in.shear
（路径自定义后需要修改路径；3是调用核心数，可自定义；yi是用户名，需自行修改；顺利的话可以生成dump.shear文件。）
如果认为每次需要写这么复杂的路径，可简化操作，需要设置环境变量，在桌面下打开终端输入gedit .bashrc，在最后面 fi 下面添加下面两行，
export  PATH=/usr/local /bin:$PATH
export  LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:/home/**(用户名)/lammps/src:$LD_LIBRARY_PATH
右上角保存后终端输入命令source .bashrc即可。
此时若想运行lammps进行计算，指令可简化为：
1. cd lammps/examples/shear
2. mpirun -np 3 lmp_ubuntu < in.shear

5 使用VMD可视化
进入VMD网站，下载压缩包，根据要求注册完毕。我选的是1.93版本，照惯例先解压到自定义的vmd文件夹中，运行代码：
1. cd vmd
2. sudo ./configure LINUXAMD64
3. cd src
4. sudo make install –j4 （-j4 意为调用4核编译，具体核数看电脑情况）
安装成功以后直接在命令行里输入vmd就可以将程序调出来，选择New Molecule，然后导入我们之前计算得到的dump.shear文件，记得在Determine file type一栏选择LAMMPS trajectory选项，选择Load，得到剪切的构型，拖动main对话框下面的滑动条就可以看到体系的剪切行为，大功告成！

Lammps安装教程